6月9日，国务院总理、国务院抗震救灾总指挥部总指挥温家宝主持召开总指挥部第18次会议，研究进一步做好灾区医疗防疫和抗震救灾工作。会议指出，目前， 灾区的医疗防疫形势仍很严峻，任务十分艰巨，一刻也不能放松。要尽快恢复地方疾病预防控制和卫生监督工作体系，强化地方政府职责，合理调配防疫支援力量， 加强卫生防疫监督工作；做好堰塞湖泄水后的防疫工作。
与以往大灾要在3天后开始防疫不同，这次汶川大地震后，防疫问题在第一时间就被提上了议事日程。
汶川大地震造成了1500万头(只)禽畜死亡，而大灾之后易发猪链球菌病、炭疽等疫病，也可能出现人畜共患的疫病。如果不及时防疫，“大灾之后是大疫”的悲剧就可能重演。
地震发生后，卫生部和农业部迅速投入防疫工作，防疫工作结合救灾进程及时展开，全面开展环境消毒和死亡牲畜无害化处理。
从5月28日起，灾区动物疫病防控工作重点，已从灾区死亡畜禽无害化处理和环境消毒工作转为对狂犬病、乙型脑炎、炭疽、猪链球菌病等人畜共患病的紧急免疫。为应对地震后可能发生的疫情，农业部和卫生部迅速展开防疫布署，大量专用物资和人员被投入灾区。
2008年6月5日，在汶川地震的重灾区绵竹市遵道镇，记者与一支在灾区进行动物疾病防控的多国“部队”不期而遇，这支特殊的队伍由国际爱护动物基金会（IFAW）发起，由北京的志愿兽医、国际爱护动物基金会的工作人员、美国和奥地利来的动物专家组成。
在一周多的时间里他们在当地兽医的协助下，走遍全镇18个村，为遵道镇632只狗补充注射狂犬疫苗，普及狂犬病的防治知识，帮助当地预防动物疫情以及人畜 共生病的发生。他们给当地兽医进行培训，教他们如何人道捕捉流浪动物，并且人道地安置无法再次进入家庭的流浪动物。
灾后防疫是一场艰苦的较量，因为对手是潜在的、无形的。
大灾后的防疫任务还很艰巨。
6月7日，在绵竹汉旺镇，来自济南军区的两名防化兵在防疫车上等待消杀命令。他们的身后是屹立在汉旺镇中心广场上的钟楼，由于四面大钟都无一例外地永久停留在14：28的特殊位置，这座基座部分稍有毁损的钟楼成为这次大地震极具意义的建筑。
6月5日晚上8时,在绵竹遵道镇一农村，国际爱护动物基金会的中外专家打着电筒为小狗打疫苗。为帮助灾区尽快完成紧急防疫任务，他们每天都要工作到天完全黑尽才收工。
6月7日，在绵竹汉旺镇，来自济南军区的一名防化兵正在换装高压喷头。
6月5日,会同国际爱护动物基金会来到绵竹遵道镇的北京志愿兽医刘朗与董轶在露天临时搭起手术台，正准备为一只小狗做眼部肿瘤的切除手术。
6月7日，在绵竹汉旺镇，来自济南军区的两名防化兵正往废墟上喷洒消毒液。
6月9日，绵阳北川羌族自治县擂鼓镇，防疫人员背起在小渠边配制好的消毒药液，准备前往安置点消毒。
6月7日，在绵竹汉旺镇东方汽轮机厂，空军某部防疫人员在对厂区里的废墟进行消毒。
6月9日，通往绵阳北川羌族自治县县城的路实行了特别管制，从山上的曲山镇走出的当地群众必须经过严格的消毒处理。